Później Agricola poróżnił się z księciem Albertem i w 1536 roku rozmawiał z Lutrem na temat możliwości powrotu do Wittenbergi. Elektor obiecał mu szybki awans i w Boże Narodzenie 1536 roku Agricola opuścił swoje wcześniejsze stanowisko. Książę Albert, dotknięty tym faktem, oskarżył Agricolę o założenie sekty wrogiej wobec Lutra. Luter jednak ujął się za nim i nawet pozwolił mu zamieszkać w swoim domu. Kiedy Luter udał się do Schmalkalden w 1537 roku, Agricola zajął jego miejsce na katedrze uniwersyteckiej i ambonie. Wyrażenia używane w niektórych jego kazaniach, i plotki, że wciąż potajemnie głosi wrogie Lutrowi i Melanchtonowi nauki antynomistyczne, uczyniły go obiektem podejrzeń. Ostatecznie spór antynomistyczny rozgorzał na nowo, i teraz celem stał się sam Luter. Do lutego 1539 roku Agricola sprawował funkcję w nowo utworzonym konsystorzy Wittenbergi, aż otwarcie oskarżył Lutra przed elektorem, który jednak zwrócił się przeciwko oskarżycielowi i praktycznie go uwięził. W sierpniu 1540 roku Agricola uciekł do Berlina. Za radą Melanchtona i dzięki mediacjom Bugenhagena, Agricola odwołał swoje oskarżenia i mógł powrócić do Saksonii, jednak pojednanie było niemożliwe.