Wezwano go do stawienia się przed przedstawicielem arcybiskupa Moguncji, Draconites jednak odmówił, więc został ekskomunikowany. Przekonany przez błagania swoich parafian, uciekł przed grożącym mu niebezpieczeństwem we wrześniu 1523 roku i mieszkał w Wertheimie, Norymberdze, Erfurcie i Wittenberdze, skąd napisał pocieszający list dla mieszkańców Miltenbergu, gdzie siłą przywrócono dawny porządek. W 1525 roku został proboszczem Waltershausen nieopodal Gotha, i następnego roku został wizytatorem okręgu Tenneberg. Jego posługa wywołała konflikty, więc w 1528 roku zrzekł się urzędu i żył jako osoba prywatna w Eisenach, gdzie podjął pracę nad wielojęzycznym wydaniem Biblii. Jego rezygnacja z działalności publicznej wzbudziła podejrzenia i oskarżono go nawet o herezję, Draconites był jednak wierny nauce ewangelickiej i w obronie przedstawił dzieło Bekenntnis des Glaubens und der Lehre.