W 1534 roku Draconites został proboszczem i profesorem w Marburgu. Na obu polach działał z wielką gorliwością. Publikował komentarze biblijne, kazania i literaturę pobożnościową. Odnowił też przyjaźń z Eobenem Hessuse, w 1540 roku wygłosił mowę na jego pogrzebie, opublikował także jego listy. Prowadził misję wśród Żydów. W 1537 roku podpisał Artykuły szmalkaldzkie. Popadł jednak w spór z Thamerem, profesorem Uniwersytetu w Marburgu, na temat związku skruchy i usprawiedliwienia. Thamer cieszył się poparciem młodego landgrafa i Draconites, po czternastu latach posługi, musiał opuścić miasto w październiku 1547 roku. Przez jakiś czas wykładał w Lubece na temat ksiąg prorockich i w latach 1549–1550 opublikował dzieło Gottes Verheißungen von Christo Jesu poświęcone proroctwom mesjanistycznym. Ze względu na swoją reputację znawcy języka hebrajskiego objął profesurę na Uniwersytecie w Rostocku i kilka razy sprawował funkcję rektora. W 1557 roku został superintendentem Rostocku ze względu na poparcie władz świeckich, choć faworytami duchowieństwa byli Tilemann Hesshus i Petrus Eggerdes. Jego liberalna interpretacja przepisów o szabacie doprowadziła do oskarżenia go o antynomizm. W 1560 uzyskał od pruskiego księcia Albrechta stanowisko przewodniczącego konsystorza diecezji pomezańskiej z siedzibą w KwidzynieErnst Kähler: Draconites.