Zasadniczo nie miał też prawa wykonywać w zakonie władzy przysługującej przełożonym zakonnym.
Do objęcia funkcji protektora zakonu wymagana była nominacja papieska, jednak często kandydatura była zgłaszana przez władze zakonnePoncet, s. 159–160..
Specyficzna była rola protektorów zakonów rycerskich mających własne państwa, to znaczy joannitów i zakonu krzyżackiego. Pełnili oni funkcje zbliżone do protektorów koron, albowiem oprócz spraw stricte zakonnych bronili oni także ich politycznych interesów.
Protektorzy instytucji religijnych 200px|left|thumb|Kardynał Scipione Borghese (zm. 1633) był protektorem m.in. sanktuarium w Loreto oraz katolików obrządku ormiańskiego Liczne klasztory, sanktuaria, kościoły, nawet pojedyncze kaplice, jak również hospicja, szpitale, kolegia, instytucje edukacyjne i charytatywne, bractwa itp., głównie z terenu Włoch, miały swoich kardynałów protektorów. Odmiennie niż w przypadku zakonów, protektorzy ci z reguły mieli pełną jurysdykcję nad tymi instytucjami. Najsłynniejszym i najbardziej prestiżowym protektoratem tego rodzaju w XVI–XVII wieku był protektorat sanktuarium maryjnego w Loreto. Wśród instytucji oraz miejsc kultu mających w przeszłości swych protektorów można wymienić też m.in. Papieskie Kolegium Północnoamerykańskie, Gwardię Szwajcarską, rzymskie bractwo S.