Z tego powodu Menius w 1528 roku przeniósł się do Gothy, gdzie poznał Friedricha Myconiusa. Tworzył tam dzieła teologiczne i uczył młodzież, jednak jego głównym polem działalności była wizytacja Turyngii, jaką przeprowadził z Melanchtonem, Myconiusem i Christofem von der Planitz.
W 1529 roku, po powrocie z wizytacji, został proboszczem i superintendentem w Eisenach, gdzie służył osiemnaście lat. Był jedną z osób najbardziej zaangażowanych w walkę z anabaptyzmem, był aktywny jako reformator, brał też udział w innych wizytacjach: w 1533 i 1539 w Turyngii, następnie w Schwarzburgu i w 1545 w biskupstwie Naumburgu. W 1542 roku wprowadził reformację w cesarskim mieście Mühlhausen/Thüringen. Brał udział w spotkaniu w Marburgu, był jednym z sygnatariuszy Artykułów szmalkaldzkich (podpis w jego imieniu złożył Friedrich Myconius). Po śmierci Myconiusa zastąpił go na jego urzędzie superintendenckim w Gocie. W wyniku I wojny szmalkaldzkiej był zmuszony do opuszczenia Gothy, jednak niedługo potem mógł wrócić. Protestował przeciwko Interim augsburskiemu. Propaganda anabaptystów skłoniła go do skierowania swojej działalności polemicznej przeciwko nim, a zwłaszcza ich antynomistycznym poglądom mówiącym, że człowiek narodzony z Boga nie może zgrzeszyć.