W 1552 roku był zaangażowany w spór dotyczący nauki Andreasa Osiandra o usprawiedliwieniu, wchodząc w skład delegacji wysłanej do Prus w celu wyjaśnienia różnic doktrynalnej. Nikolaus von Amsdorf wciągnął go w spór majorystyczny dotyczący roli dobrych uczynków. Menius wrócił do Gothy z nadzieją, że będzie mógł wziąć się za wykonywanie swoich obowiązków, jednak Amsdorf, Matthäus Ratzenberger, Aurifaber i inni oskarżali go o bycie majorystą i adiaforytą. Menius zrzekł się urzędu i na zaproszenie Melanchtona objął funkcję w kościele św. Tomasza w Lipsku. Stamtąd odpierał ataki Amsdorfa i Flaciusa, których ci nie zaniechali aż do jego śmierci. Z tego powodu twórczość Meniusa miała głównie charakter polemiczny.

Wybrane dzieła Wider den Hochberumbten Barfusser zu Erffurt, D.