W 1524 roku książę Jan Stały skierował go do posługi w Gocie na prośbę rady miejskiej i zboru. Chociaż grunt dla reformacji był już tam przygotowany, to sprawy kościelne i świeckie nie przedstawiały się najlepiej. Kondycja duchowieństwa była niska, szkoły znajdowały się w rękach osób niekompetentnych, a władze miejskie odznaczały się chciwością i nieporządkiem. Myconius z wielką energią wziął się za naprawę tej sytuacji. W 1525 roku Luter w swych listach zachęcał go, by nie obawiał się zbuntowanych chłopów a Filip Melanchton, który zaczął pisać do niego w 1527 roku, ostrzegał go przed nadmiernym zaangażowaniem w sprawy świeckie. Myconius zreformował szkolnictwo i zachęcił mieszkańców do korzystania z nich. W 1524 roku założył też szkołę w klasztorze augustianów, której rektorem do 1535 roku był Basilius Monner z Weimaru.
Wpływ Myconiusa nie ograniczał się jedynie do Gothy. Towarzyszył księciu Janowi Fryderykowi jako kaznodzieja podczas jego wypraw do innych państw niemieckich. Wraz z Melanchtonem i Justusem Meniusem przeprowadzał wizytacje Turyngii w 1527 i 1533 roku, brał udział w spotkaniu w Marburgu w 1529 roku i zjeździe w Schmalkalden w 1537 roku, gdzie podpisał Artykuły szmalkaldzkie.