We wrześniu 1536 roku Schnepf spotkał się z Melanchtonem w Tybindze, a w 1537 roku brał udział w zjeździe w Schmalkalden, gdzie podpisał artykuły szmalkaldzkie. W lipcu 1540 roku brał udział w dyspucie w Hagenau, skąd udał się do Strasburga, gdzie 18 lipca wygłosił kazanie w katedrze. Później złożył wizytę w Wormacji, a w 1541 roku w Ratyzbonie.
Schnepf był jednym z teologów sprzeciwiających się bigamii landgrafa Filipa. Wskutek tego jego pozycja na dworze słabła i rozważał przeniesienie się do Saksonii. Jednak w 1544 roku udał się do Tybingi, gdzie uzyskał tytuł doktora, a w lutym został superintendentem seminarium teologicznego, gdzie wykładał Stary Testament i Loci communes Melanchtona, a także głosił kazania. W 1546 roku toczył dysputę z augustianinem Johannesem Hofmeisterem w Ratyzbonie. W związku z postępami wojsk cesarskich w I wojnie szmalkaldzkiej 7 stycznia 1547 roku uciekł do Blarera, przebywającego wówczas w Konstancji, jednak wkrótce mógł wrócić do Tybingi. Nie zaakceptował interim augsburskiego i w kazaniu 11 listopada 1548 roku pożegnał się ze swoimi uczniami. Melanchton zaprosił go do Wittenbergi, jednak Schnepf przyjął propozycję objęcia profesury na Uniwersytecie w Jenie. Objął urząd superintendenta i został jednym z najbardziej wpływowych teologów i działaczy kościelnych w Saksonii.