Rafał Tomasz Niżankowski (ur. 7 lipca 1947 w Cieplicach Śląskich-Zdroju) – polski lekarz chorób wewnętrznych, anestezjolog, profesor nauk medycznych, nauczyciel akademicki Uniwersytetu Jagiellońskiego i urzędnik państwowy, były wiceminister zdrowia.
Życiorys Jest specjalistą chorób wewnętrznych, anestezjologiem. Ukończył w 1972 studia na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej w Krakowie, gdzie był zatrudniony w latach 1976–1989. W 1991 uzyskał habilitację na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie na podstawie pracy „Prostacyklina w leczeniu chorób tętnic obwodowych”. Jest promotorem licznych prac doktorskich oraz recenzentem prac doktorskich i habilitacyjnych. Kierował kilkoma projektami medycznymi, jest również autorem publikacji naukowych z dziedziny medycyny.
W latach 1989–1994 był dyrektorem departamentu nauki w Ministerstwie Zdrowia i Opieki Społecznej, następnie zaś do 2001 stał na czele Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia w Krakowie przyznającego placówkom medycznym certyfikaty jakości – był twórcą Centrum. W 1994 rozpoczął pracę w Collegium Medicum UJ.