Na początku lat 90. związany z KLD. W wyborach parlamentarnych w 1991 bez powodzenia ubiegał się o mandat poselski z listy tej partii w okręgu krakowskim. W rządzie Marka Belki pełnił funkcję podsekretarza stanu w resorcie zdrowia odpowiedzialnego za ratownictwo medyczne i kształcenie podyplomowe. Został odwołany 2 grudnia 2004 na skutek opinii wyrażonej w liście do członka Komisji Europejskiej Davida Byrne’a, iż nie można ofiarować dobrego zdrowia wszystkim mieszkańcom Europy, bo niektórzy z nich nie chcą być w dobrym zdrowiu – oni potrzebują być chorzy, by odgrywać swoje społeczne role; lub ponieważ mają złe geny albo po prostu nie maja szczęścia w życiu. Drugim powodem, dla którego nie lubię frazy „dla wszystkich” jest bliski związek tego stwierdzenia z komunistycznym sloganemWiceminister zdrowia Rafał Niżankowski straci stanowisko, money.pl z 2 grudnia 2004 r., Gazeta Lekarska, nr 1 z 2005 r..
Z jego inicjatywy powstała Agencja Oceny Technologii Medycznych, był kandydatem na jej szefa. W 2008 został szefem Wojewódzkiej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Krakowie, a zarazem Małopolskim Państwowym Wojewódzkim Inspektorem SanitarnymIwona Hajnosz, Szymon Jadczak, Czy sanepid może być nieczepliwy?, gazeta.pl z 3 marca 2008 r..