Jest pracownikiem kliniki prof. Andrzeja Szczeklika oraz kierownikiem Zakładu Angiologii II Katedry Chorób Wewnętrznych UJ. Obecnie jest wiceprezesem Fundacji Katedry Chorób Wewnętrznych Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego, przewodniczącym Konfederacji Akredytacyjnej Dla Ochrony Zdrowia, a także członkiem zarządu Towarzystwo Promocji Jakości Opieki Zdrowotnej w PolsceRafał Niżankowski, ktokogo.pl. Wcześniej był wiceprezesem Polskiego Towarzystwa Angiologicznego.
Działa w grupie „Ujawnić prawdę”Katarzyna Wieczorkiewicz, Lustracja Niżankowskiego. Rozmowa z Rafałem Niżankowskim, Menedżer Zdrowia, nr 1, 2007 r..
Odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (2016)
Publikacje Prostacyklina w leczeniu chorób tętnic obwodowych, Kraków 1986 Medycyna rodzinna (red. M. Kochen; redaktorzy naukowi polskiego wydania Rafał Niżankowski i Adam Windak), Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 1996 Ekonomika medycyny: kompendium dla lekarzy i studentów medycyny (red. Jarosław J. Fedorowski i Rafał Niżankowski), Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 2002. Henrik R. Wulff, Peter C.