W 1989 polskie Pracownie Konserwacji Zabytków rozpoczęły odbudowę kościoła. Wzmocniono m.in. jego fundamenty. W 1991 prace budowlano-restauracyjne przejęło estońskie przedsiębiorstwo budowlane Wunibald Ehitus. W celu umocnienia grząskiego gruntu i powstrzymania zapadania się budowli wbito w ziemię dodatkowo 287 stalowych wsporników o długości 7-10 m. Odbudowę finansowo wspomagały Niemcy a zwłaszcza lokalny Północnołabski Kościół Ewangelicko–Luterański i Lüneburg – miasto partnerskie Tartu. W 1997 oficjalnie założono wspólnotę parafialną estońskiego kościoła ewangelicko-luterańskiego. W 1999 pokryto dach kościoła blachą miedzianą a na wieży ponownie pojawił się hełm.
W 2002 przedsiębiorstwo budowlane Rand & Tuulberg podjęło się zadania dokończenia restauracji kościoła do grudnia 2005. Do najważniejszych zadań należały m.in.: zainstalowanie nagłośnienia w kościele, położenie betonowej posadzki, odrestaurowanie fasady.
W maju 2005, po 16 latach prac renowacyjnych, kościół św. Jana został oddany do użytku. Uroczysta ceremonia z tej okazji miała miejsce 29 czerwca 2005.