Beurlin zmarł w Paryżu, a Andreä został profesorem teologii, proboszczem i kanclerzem Tybingi. W 1563 roku udał się do Strasburga, gdzie dyskutował z reformowanym teologiem Hieronimem Zanchiuszem na temat nieutracalności łaski, w 1564 roku uczestniczył w konferencji w Bebenhausen, gdzie poddano ocenie Katechizm Heidelberski, a także w spotkaniu w Maulbronn. W 1568 roku książę wysłał go do Brunszwiku-Wolfenbüttel, gdzie miał pomóc wprowadzić reformację i opracować porządek kościelny. W tym samym czasie, wraz z Martinem Chemnitzem i Nikolausem Selneckerem i innymi teologami z północnych Niemiec, podjęli próbę osiągnięcia porozumienia w kwestiach wyznaniowych. Tak zaczął się najważniejszy okres życia Jakoba Andreä, praca nad Formułą zgody.
Andreä planował sporządzić wyznanie wiary, które byłoby do zaakceptowania przez wszystkich ewangelików, uważając, że konieczne jest wyjaśnienie różnie interpretowanych zapisów Wyznania augsburskiego. Już w 1567 roku przedstawił swoją propozycję wyznania, składającego się z pięciu krótkich artykułów. Andreä podróżował po Niemczech, próbując przekonać teologów do swoich artykułów. Jednak ani zwolennicy Flaciusa, ani filipiści, nie chcieli zaakceptować tego wyznania i spotkanie w maju 1570 roku nie przyniosło spodziewanych skutków. Andreä zmienił więc stanowisko.