Z przyczyn fabularnych w grze nie zastosowano możliwości wyboru sprzętu przed misją czy znanego z pierwszej części serii wątku ekonomicznego. Obecny jest w niej jednak znany z części drugiej system rang podsumowujących wykonanie misji i nagród za tę najwyższą, czyli „Cichego Zabójcę”. W prezencie gracz dostaje kolejne bronie, lecz w odróżnieniu od gry Hitman 2: Silent Assassin nie może zabrać na misję kilku sztuk broni tego samego rodzaju. Tożsamy z Silent Assassin jest natomiast system zapisu stanu gry (w zależności od poziomu trudności, od 0 do 7 zapisów na misję). Nowością w stosunku do dwóch poprzednich części jest oddzielny tryb treningu z dostępem do zbrojowni i trzema miejscami służącymi podszkoleniu swoich umiejętności: dwóch strzelnic (dla karabinów wyborowych i symulującej walkę w terenie) oraz wypełnionej przeciwnikami lokacji przeznaczonej do skradania się, przy czym Hitman pozostaje w niej nieśmiertelny i nie musi zachowywać ciszy – można ją przejść w brutalny sposób, z użyciem np. karabinu maszynowego.