Jeśli taki punkt zostanie napotkany, należy w miarę możliwości odsunąć od niego optymalizację geometrii do minimum lokalnego lub stanu przejściowego.

Energia całkowita jest określona przez przybliżone rozwiązanie zależnego od czasu równania Schrödingera, zwykle bez uwzględnienia członów relatywistycznych, a z zastosowaniem przybliżenia Borna-Oppenheimera, które dzięki dużej różnicy w szybkości ruchu elektronów i jąder pozwala na rozdział ruchu jąder od ruchu elektronów, co istotnie upraszcza równanie Schrödingera. To umożliwia obliczanie energii całkowitej jako sumy energii elektronowej dla ustalonych położeń jąder i energii odpychania jąder. Istotnym wyjątkiem są pewne metody nazywane bezpośrednią chemią kwantową, które opisują jądra i elektrony jednocześnie. Metody oparte na Teorii Funkcjonałów Gęstości (DFT, ang. Density Functional Theory) są innymi wariantami takich obliczeń. Dla bardzo dużych układów stosuje się techniki uproszczone, takie jak metody semiempiryczne oraz metody mechaniki molekularnej. Te ostatnie jednakże nie dają w wyniku wartości energii całkowitej cząsteczki, a jedynie energie steryczne zależne od użytej parametryzacji pola siłowego. Przez to możliwe jest porównywanie jedynie względnych różnic energii między podobnymi cząsteczkami.