Metody mechaniki molekularnej nadają się dość dobrze do optymalizacji geometrii dużych układów molekularnych takich jak m.in. białka.
Najważniejsze metody chemii obliczeniowej Metody półempiryczne (np.: AM1, PM3) Metody mechaniki molekularnej (symulacje w polu siłowym, np.: MM2, MM3, AMBER) Metody ab initio Metoda Hartree-Focka Metody uwzględniające korelację elektronów Metody oparte na teorii zaburzeń (np. MP2) Metody oddziaływania konfiguracji (CI) Metody wielokonfiguracyjnego pola samozgodnego (MC SCF) Metody sprzężonych klasterów (CC) Metody oparte na teorii funkcjonałów gęstości (DFT) Symulacje dynamiki molekularnej (MD)
Linki zewnętrzne www.molnet.eu – polskojęzyczny portal o modelowaniu molekularnym