Jan Mohn został aresztowany przez gestapo 2 listopada 1943, przy wyjściu z cmentarza, na którym odwiedził grób swojego syna. Przyczyną aresztowania było najprawdopodobniej zeznanie jednego z więźniów, który na skutek załamania podczas bicia, zdradził, że otrzymał za pośrednictwem tutejszego palacza ważną wiadomość. Mohna przetrzymywano i przesłuchiwano najpierw w Toruniu, a następnie w Gdańsku i Monachium. Był torturowany: bity go do nieprzytomności, a następnie cucony zimną wodą. Nie mogąc uzyskać od niego informacji, sprawę skierowano do najwyższego trybunału Obersten SS w Monachium. Po przesłuchaniach, które trwały kilkanaście tygodni, skazano go na śmierć. Odstąpiono jednak od wyroku, gdyż uważano, że może posiadać przydatne informacje. Odesłano go do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie zmarł w maju 1945, tuż po wyzwoleniu obozu przez armię amerykańską.
18 marca 1946 roku Miejska Rada Narodowa w Toruniu uczciła pamięć działacza konspiracyjnego Jana Mohna, nazywając jedną z ulic jego imieniem. Na Centralnym Cmentarzu Komunalnym w Toruniu