Po ukończeniu szkoły objął na krótko posadę nauczyciela dzieci wojewody lubelskiego Piotra Aleksandra Tarły. Arianie niechętni temu faktowi (Tarło był katolikiem), ufundowali dla młodego Andrzeja stypendium zagraniczne. Na decyzję o posłaniu Andrzeja na dalsze studia miał też wpływ Marcin Ruar. Przekonał jego rodziców, aby wbrew zamierzeniom nie posyłali go na dwór magnacki, aby rozpoczął karierę dworską. Zdaniem Ruara, wypadało, aby jedyny wnuk Fausta Socyna kroczył śladami swojego wybitnego dziada.
W roku 1631 rozpoczęła się pierwsza europejska podróż Wiszowatego. Na trasie znalazły się Gdańsk (odwiedził Marcina Ruara), Hamburg (spotkanie z Hugonem Grocjuszem), aby w 1632 przybyć do Lejdy i podjąć studia na tamtejszym Uniwersytecie. W czasie studiów Wiszowaty odwiedzał często Amsterdam, aby uczestniczyć w wykładach myślicieli tej klasy co Gerardus Vossius i Caspar Barlaeus. Wkrótce na stałe przeniósł się do Amsterdamu. Tam poznał i zaprzyjaźnił się z Krzysztofem Arciszewskim, arianinem, sławnym w Europie podróżnikiem i żołnierzem. Opowieści Wiszowatego o postępach kontrreformacji w Polsce oraz prześladowaniach różnowierców skłoniły Arciszewskiego do podjęcia decyzji o odrzuceniu propozycji króla Władysława IV, z której początkowo bardzo się ucieszył.