Król chciał, żeby sławny żołnierz objął w Rzeczypospolitej funkcję admirała lub generała artylerii koronnej. Ostatecznie Arciszewski odmówił, uzasadniając swoją decyzję m.in. naruszaniem w Rzeczypospolitej wolności sumienia i tolerancji religijnej oraz podjął decyzję o wyjeździe do Brazylii. Namawiał do wyjazdu Wiszowatego, ale ten odmówił pragnąc pozostać w kontakcie z braćmi polskimi w Europie. Po opuszczeniu Amsterdamu, Wiszowaty odwiedził Anglię i Paryż. W 1637 r. powrócił do Polski. W 1638 r. pod pretekstem obrazy katolicyzmu, zburzono Szkołę Rakowską, zamknięto zbór i wypędzono nauczycieli i uczniów. Oburzony tym wydarzeniem Wiszowaty udał się w 1639 r. do Warszawy, gdzie przed Izbą Poselską wygłosił mowę w obronie doktryny rakowskiej.
Wkrótce został nauczycielem Andrzeja Suchodolskiego. Razem z nim, w 1640 r. wyruszył w kolejną, kilkuletnią podróż po Europie. Odwiedził Niemcy, Holandię i FrancjęL. Chmaj Andrzej Wiszowaty jako działacz i myśliciel religijny w: Bracia Polscy. Ludzie-idee-wpływy. Warszawa 1957, s. 350-356. Po powrocie, w 1642 r., synod ariański powierzył mu funkcję ministra zboru ariańskiego w Piaskach, należących do rodziny Suchodolskich. Zbór został wkrótce zamknięty. W 1643 r.