Andrzej Wiszowaty 3 maja 1648 r. ożenił się ze współwyznawczynią Aleksandrą Rupniewską (Alexandra von Rupnow) (1623-23 listopada 1679) herbu Szreniawa, córką Joachima i Elżbiety z Lubienieckich herbu Rola. Małżeństwo to było niezwykle zgodne i doczekało się kilkorga dzieci:
Agnieszka (1650-1680) która w 1678 roku poślubiła w Amsterdamie Teodora Bogdana Lubienieckiego (1654-1718), malarza i współwyznawcę. Mikołaj, wymieniony w genealogii rodzinnej przez Lubienieckiego Benedykt Wiszowaty (ok. 1655-po 1704) poszedł w ślady ojca, był duchownym Braci Polskich na wygnaniu, dokończył wydawanie Biblioteki Braci Polskich, gdzie umieścił obszerną biografię swego ojca Dorota (pochowana 20 lipca 1721), która w 1690 roku wstąpiła do parafii remonstranckiej w Amsterdamie, jest wymieniona jako krawcowa