Ten odmówił mówiąc, że lepiej "dobra stracić i cześć obywatelską niż czyste sumienie"L. Chmaj, op. cit., s. 366.
10 lipca 1660 r. Wiszowaty opuścił Polskę. Arianie wyjeżdżający z Rzeczypospolitej udali się do Kluczborka. Następnie Wiszowaty pojechał na Węgry, a stamtąd został przez synod wysłany do Mannheim. W Heidelbergu wręczono mu zakaz nauczania na terenie Palatynatu. W tej sytuacji, jako miejsce stałego pobytu Wiszowaty wybrał Amsterdam. Do końca życia pozostał wierny przekonaniom religijnym. W 1666 roku został razem "z rodziną z Polski" przyjęty do parafii remonstranckiej w Amsterdamie. Nadal tworzył i opiekował się spuścizną Braci polskich. Opublikował monumentalne wydawnictwo Bibliotheca Fratrum Polonorum, na które składał się dorobek polskich arian, a które w 1674 trafiło na Indeks ksiąg zakazanych. Zmarł 29 lipca 1678 w Amsterdamie. Ostatnie słowa wypowiedziane do jednego z synów brzmiały: „Jak widziałeś, chłopcze, że ja czynię, tak i ty zawsze trzymaj się tylko tego, co prawdziwe i dobre i cały wysiłek ku temu obracaj”L. Chmaj, op. cit., s. 373.
Rodzina Miał młodszego brata, Teodora (zm. po 1662), także pastora Braci Polskich, po 1660 roku na wygnaniu w Brandenburgii.