W 1586 ożenił się z córką Krzysztofa Morsztyna (protektora protestantów), Elżbietą, która urodziła mu jedyne dziecko – Agnieszkę. W 1598, po śmierci Jana Niemojewskiego, został przywódcą braci polskich, których zaczęto nazywać socynianami.

W Europie nasilała się presja kontrreformacji. W 1571 zniszczono w Krakowie zbór protestancki i cmentarze innowierców. W 1586 zakończył się w Sienie zaoczny proces Socyna o herezję, wyrokiem skazującym go na śmierć. Od 1594 Socyn padał ofiarą napaści i przemocy. 30 kwietnia 1598 grupa krakowskich studentów, podburzonych przez miejscowy kler katolicki, wywlekła chorego Socyna z jego mieszkania znajdującego się w kamienicy Niderlandowskiej na rogu ulic Brackiej i Gołębiej, spaliła jego księgozbiór i usiłowała go zabić; w ostatniej chwili uratował go ksiądz-profesor Marcin Wadowita. thumb|Mauzoleum Fausta Socyna w Lusławicach Socyn, obawiając się o życie, wyjechał w 1598 do Lusławic koło Tarnowa, gdzie znajdował się duży ośrodek braci polskich. Nadal prowadził aktywne życie, prowadząc m.in. w latach 1601–1602 seminarium teologiczne w Rakowie (w 1602 powstała tu Akademia Rakowska). Zmarł w Lusławicach w wieku 65 lat.