Po śmierci W 1603 roku jako autor trafił do pierwszego polskiego Indeksu Ksiąg Zakazanych powstałego z inicjatywy biskupa Bernarda Maciejowskiego. Jego pisma zawarte w Bibliotheca Fratrum Polonorum trafiły też w 1757 na rzymski Indeks ksiąg zakazanych.
Gdy w latach 70. XIX wieku wybuchła w okolicach Lusławic cholera, która zdziesiątkowała mieszkańców pobliskich wsi, za poradą miejscowego proboszcza, dla odwrócenia klęski, spławiono w Dunajcu zwłoki „heretyków” – w tym ciało Fausta Socyna, które nigdy nie zostało odnalezione (według opinii prof. Włodzimierza Demetrykiewicza kości Socyna nadal spoczywają nietknięte w grobie). Staraniem unitarian ze Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii w 1933 wybudowano mauzoleum Socyna według projektu Adolfa Szyszko-Bohusza, wkomponowując kamień przeniesiony z grobu reformatora. Pierwotne miejsce pochówku Fausta Socyna znajdowało się na niewielkim wzniesieniu przy drodze gminnej do Lusławic. Symboliczny dziś grób Socyna znajduje się na terenie zespołu dworsko-parkowego, należącego w latach 1975–2020 do Krzysztofa Pendereckiego, a od 2021 r. – do Europejskiego Centrum Muzyki Krzysztofa Pendereckiego. Od 2020 r.