Budowle sakralne Inkermanu obejmują blisko 400 pomieszczeń, w olbrzymiej większości wykutych w skałach lub naturalnych jaskiń adaptowanych na cele klasztorne. Grupują się one w trzech kompleksach. Część grot została zniszczona w wyniku działalności wielkiego kamieniołomu wapienia znajdującego się w pobliżu. Najstarszy i największy kompleks powstał w urwisku Skały Zagajtańskiej, obejmuje on ponad 200 pomieszczeń, w tym 10 cerkwi. Obecnie jest on najbardziej zniszczony, zarówno ze względu na miękkość tutejszej skały i jej podatność na erozję, jak i ze względu na upływ czasu. Dodatkowo do dużych zniszczeń przyczynił się obryw z 1794. Wiele pieczar jest obecnie niedostępnych w rezultacie zawalenia się schodów i połączeń z innymi grotami. W trakcie prac archeologicznych (głównie lata 30. XX w.) stwierdzono dekoracje rzeźbiarskie, przeważnie wyryte w skalnych ścianach krzyże, w XIX w. obserwowano tu jeszcze ślady fresków, choć wówczas słabo zachowane, a dziś nieistniejące.