W urwisku Skały Monastyrskiej i częściowo także w jej szczytowych partiach rozwinął się drugi, późniejszy kompleks ponad 120 pomieszczeń, w tym 11 cerkwi, który obejmuje dwa oddzielne klasztory. Obie skały leżą na prawym brzegu rzeki Czernej, a rozdzielone są doliną jej dopływu. Tu znajduje się działający współcześnie klasztor pw. św. Klemensa, obejmujący trzy połączone ze sobą cerkwie skalne, powstałe zapewne w czasach księstwa Teodoro: św. Marcina (powiększona w XIX w.), św. Andrzeja (Pierwozwanego) i największą z nich bazylikę pw. św. Klementa, która przed reaktywacją w II połowie XIX w., w czasach średniowiecznych, nosiła wezwanie św. Grzegorza (10,6 × 6,1 m oraz 4 m wysokości). Bazylika ta jest najsłynniejszym obiektem wśród wszystkich cerkwi inkermańskich. Obok znajdują się inne obiekty dziewiętnastowiecznego klasztoru, w tym stara cerkiew przekształcona w XIX w. na mieszkanie archimandryty i kilka budynków wzniesionych w XIX w. Do innych bardziej znanych cerkwi zespołu Monasterskiej Skały należy tzw. Cerkiew z baptysterium, w której zachował się napis grecki. Pochodzi ona przypuszczalnie z czasów księstwa Teodoro. Inną znaną cerkwią była świątynia św. Ewgrafija z freskami i napisem z datą 1272, widocznymi jeszcze w latach 30.