W 1991 konflikt polityczny przerodził się w etniczną wojnę domową pomiędzy rządzącymi Issami i opozycyjnymi Afarami.
Przebieg konfliktu Wojna domowa w Dżibuti wybuchła w listopadzie 1991, kiedy to Afarowie rozpoczęli walkę partyzancką na północy kraju. Doszło tam do oblężenia miast Tadżura i Obock, ponadto rebelianci zdobyli również wszystkie lokalne posterunki wojskowe.
18 grudnia 1991 wojska rządowe w stolicy kraju Dżibuti otworzyły ogień do zgromadzonego tłumu, w wyniku czego zginęło 59 osób.
W lutym 1992 doszło do interwencji wojsk francuskich. Ponadto Francja próbowała mediować pomiędzy stronami konfliktu, jednak pokojowe rokowania z listopada 1992 i maja 1993 nie przyniosły pożądanych rezultatów.
W konsekwencji, w czerwcu 1993 armia rządowa przeszła do ofensywy, która doprowadziła do odzyskania większości terenów wcześniej zajętych przez rebeliantów. Ciężkie walki spowodowały emigrację tysięcy cywili do Etiopii.
Po francuskiej interwencji w 1992 prezydent Aptidon wprowadził pozory demokracji, uchwalił konstytucję i ogłosił nowe wybory;