W Nysie panuje klimat umiarkowany ciepły. Średnia temperatura roczna wynosi +8,3 °C. Duże zróżnicowanie dotyczy termicznych pór roku. Średnie roczne opady atmosferyczne w rejonie Nysy wynoszą 583 mm. Dominują wiatry zachodnie.
Podział miasta Rada gminy Nysa nie ustanowiła na terenie miasta jednostek pomocniczych gminy, zwyczajowo dzielnicami określa się dołączone do Nysy miejscowości, a osiedlami wybudowane w XX w blokowiska. Według Krajowego Rejestru Urzędowego Podziału Terytorialnego Kraju częściami Nysy są: Dolna Wieś Górna Wieś Karłów Radoszyn Rochów Średnia Wieś Śródmieście Zamłynie Zawodzie
W mieście znajdują się również osiedla: os. Gałczyńskiego os. Podzamcze (sektory A, B i C) os. Południe os. Rodziewiczówny
thumb|left|600px|Zwyczajowy podział Nysy na dzielnice
Nazwa mały|lewo|Nazwa Nyssa wśród innych nazw śląskich miejscowości w urzędowym pruskim dokumencie z 1750 roku wydanym w języku polskim w BerliniePruski dokument z roku 1750 ustalający urzędowe opłaty na Śląsku – „Wznowione powszechne taxae-stolae sporządzenie, Dla samowładnego Xięstwa Sląska, Podług ktorego tak Auszpurskiey Konfessyi iak Katoliccy Fararze, Kaznodzieie i Kuratusowie Zachowywać się powinni. Sub Dato z Berlina, d. 8. Augusti 1750”..