Nazwa miejscowości wywodzi się od przepływającej przez miasto rzeki Nysy Kłodzkiej. Nazwa rzeki istniała jeszcze przed założeniem osady w tym miejscu. Kosmas z Pragi w swojej Kronice Czechów w 991 wymienia nazwę Niżą. Zapis fluminis Niżą pojawia się również w dokumencie cesarza rzymskiego Ottona III z 1000 roku. Na przełomie X i XI wieku niemiecki kronikarz Thietmar z Merseburga wymienił provinciam Nice.
Spisana w XIII wieku Księga założenia klasztoru świętej Marii Dziewicy w Henrykowie podaje nazwę Nyża. Trudno jest ustalić pochodzenie tej nazwy. Możliwe, że oznaczała niskie położenie strumienia rzeki lub płynącą rzekę. Jest to starosłowiańska nazwa. Jan Długosz w kronice z XV wieku wyjaśnia, że miasto Nysa wzięło swoją nazwę od rzeki. Pogląd Długosza podziela Hartmann Schedel w swojej Kronice Świata z 1493.
Nazwa miejscowości wywodzi się od rzeki przepływającej przez miasto Nysy Kłodzkiej. Została ona wymieniona w formie Nysa w 1333 roku w łacińskim dokumencie wydanym we Wrocławiu przez księcia śląskiego Henryka. Miejscowość wymieniona została w łacińskim dokumencie z 1310 roku gdzie miasto zanotowano jako Nyza. W roku 1613 śląski regionalista i historyk Mikołaj Henel z Prudnika wymienił miejscowość w swoim dziele o geografii Śląska pt.