W XVI wieku nastąpił gwałtowny rozwój Węgrowa związany z intensyfikacją handlu zbożem w Rzeczypospolitej. Miasto konkurowało wówczas z sąsiednim Liwem o pierwszeństwo w kontaktach z Gdańskiem. W XVII wieku założono w mieście faktorię kupiecką.
Ośrodek reformacji Od 1558 roku za sprawą właścicielki Węgrowa Anny z Radziwiłłów Kiszczyny nastąpił napływ osadników protestanckich. Miasto stało się ważnym ośrodkiem reformacji. Kościół parafialny został przekazany zborowi kalwińskiemu. W mieście ufundowano drukarnię i szkołę ewangelicką. W 1565 roku Węgrów stał się kolebką ruchu braci polskichStefan Gruszecki Węgrów kolebką arianizmu polskiego, „Rocznik Mazowiecki”, T. 6, 1976, s. 318–322.. Działali tutaj pierwsi kaznodzieje tego wyznania Piotr z Goniądza i Marcin Krowicki. Gmina ariańska przetrwała jednak tylko do 1592 roku. Uległa likwidacji wraz ze śmiercią jej protektora Jana Kiszki i przejęciem kościoła parafialnego powtórnie przez wyznawców kalwinizmu.