Panis i Trulli zostali w zespole na sezon 1999, a Prost AP02 nie był tak nieudanym modelem jak poprzednik, chociaż silnik Peugeot był zbyt duży i ciężki. W trakcie sezonu Prost zatrudnił Alana Jenkinsa na stanowisku dyrektora technicznego. Prost zdobył w sezonie 9 punktów (w tym 6 punktów za drugie miejsce Trullego w Grand Prix Europy) i zajął siódme miejsce w klasyfikacji konstruktorów.

Nowy model Prost wiązał duże nadzieje z AP03, co było uzasadnione stosunkowo wysokim budżetem, doświadczoną kadrą zarządzającą i inżynierami i kierowcami o dobrej reputacji. Samochód był podobny do poprzedniego modelu, AP02, jednak w stosunku do niego był wyposażony w trzy tysiące nowych części. AP02 był zbudowany przez zespół pod kierownictwem Loïka Bigois oraz konsultowany z B3, firmą inżynieryjną Johna Barnarda. AP02 osiągał dobre wyniki pod koniec sezonu. Trulli był drugi w Grand Prix Europy, a Panis jechał na trzecim miejscu w Grand Prix Japonii, odpierając ataki Eddiego Irvine'a i Davida Coultharda. Ponadto zespół pozyskał nowego sponsora w postaci Yahoo!. Dobrym krokiem wydawało się także zatrudnienie Alana Jenkinsa, który był wcześniej odpowiedzialny za zaprojektowanie kilku udanych samochodów, jak np. Stewarta SF3.