Model AP03 był pierwszym samochodem konstrukcji Prosta, którego układ wydechowy był zamontowany wysoko; to rozwiązanie zastosowało w sezonie 1999 Ferrari.
Siedmiobiegowa półautomatyczna skrzynia biegów była zamontowana wzdłużnie. Skrzynia biegów była opracowana przez Prost Grand Prix, a wyprodukowana przez Xtrac. Wielotarczowe sprzęgło z włókna węglowego konstrukcji AP Racing było ręcznie kontrolowane.
Układ olejowy był mieszany, tzn. miał wspólny obwód dla silnika i skrzyni biegów, a zbiornik znajdował się między silnikiem a kokpitem. Natomiast układ paliwowy produkcji TAG Electronics posiadał gumowy zbiornik ATL zamontowany tuż za kokpitem. System chłodzenia był niesymetryczny; po obu stronach samochodu znajdowały się oddzielne chłodnice wody, a po lewej stronie silnika – chłodnica oleju.
Jako zasilanie służył system lekkich baterii dwunastowoltowych.
Nadwozie i zawieszenie Nadwozie typu monocoque było wyprodukowane przez Prost Grand Prix z formowanego włókna węglowego i kompozytów. Samochód był mniejszy od modelu AP02 – jego rozstaw osi wynosił 3095 mm, podczas gdy poprzedniego modelu – 3240 mm. Był również lżejszy od poprzednika o około 30 kg.