Dzięki majątkowi i urzędom ordynacja w znacznym stopniu była jednostką samodzielną administracyjnie i gospodarczo, tworząc swoiste państwo w państwie.
XVII wiek thumb|300px|Jan Sobiepan Zamoyski, ostatni z pierwszej linii ordynatów. Na czele ordynacji stał ordynat, którym zostawał najstarszy syn poprzednika. Ordynata każdorazowo zatwierdzał król, a spory majątkowe na tle ordynacji miał prawo rozstrzygać sejm. Do poważnego kryzysu doszło po bezdzietnej śmierci III ordynata Jana „Sobiepana” Zamoyskiego w 1665 r. Statut nadany przez fundatora stwierdzał: w pomienionych dobrach nikt, prócz mężczyzn, z prostej linii od niego (Jana Zamojskiego) pochodzących, z tych zaś jeden tylko, według porządku ... zawsze dziedziczył będzie, dobra powyższe posiadał i z nich użytkował... Siostra zmarłego ordynata, żona Jeremiego Wiśniowieckiego i matka późniejszego króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego, księżna Gryzelda Wiśniowiecka, oraz Koniecpolscy, jako spadkobiercy drugiej siostry Sobiepana, Joanny Koniecpolskiej, wystąpili z roszczeniami spadkowymi, powołując się na ogólne zasady dziedziczenia obowiązujące w prawie polskim. Przeciwko nim wystąpili przedstawiciele młodszej linii Zamoyskich, pochodzącej od stryjecznego dziada fundatora, Macieja. Przewodził im kasztelan czernihowski Zdzisław Jan Zamoyski i jego syn Marcin.