Mimo że były one większe od ordynacji, Stanisław Koniecpolski nie mógł się z tym wyrokiem pogodzić i przy pomocy prywatnego wojska utrudniał IV ordynatowi przejęcie majątku. Potrzebne było dopiero zbrojne wystąpienie szlachty lubelskiej, aby usunąć magnata uzurpatora. Również poparcie nowego króla, Jana Sobieskiego, było po stronie jego współpracownika i żołnierza, Zamoyskiego.
Nowa linia ordynatów Średnio zamożny szlachcic Marcin Zamoyski objął ostatecznie ordynację w 1676 r. i tym samym awansował do grona największych posiadaczy ziemskich nie tylko Rzeczypospolitej, ale i całej Europy. W rękach tej linii Zamoyskich ordynacja pozostała do końca. Podupadła i wyniszczona rodzinnymi waśniami wymagała sprawnego zarządcy. Nowy ordynat podołał wyzwaniu, na co wskazuje sporządzona pod koniec jego życia w 1688 r. Mappa Ordynacyey Państwa Zamoyskiego. Wynika z niej, że do ordynacji należało wówczas 9 miast: Zamość, Goraj, Janów, Kraśnik, Krzeszów, Szczebrzeszyn, Tarnogród, Tomaszów, Turobin oraz 157 innych miejscowości. Oprócz majątków ziemskich działały w niej huty szkła i żelaza, młyny, browary oraz inne urządzenia przemysłowe. Odnowiona została także Akademia.