Wywołało to w Polsce zarzuty wobec Zamoyskiego i podejrzenia, że chce oderwać od Rzeczypospolitej całe włości, gdyż cesarski dyplom bezprawnie dotyczył również polskiej części ordynacji.
W okresie ostatecznego upadku I Rzeczypospolitej ordynacja przeżywała trudne chwile, gdyż jej dalsze trwanie zależne było od woli zaborców. Chcąc się uchronić przed niechęcią ze strony Rosji, a jednocześnie unikając jednoznacznej deklaracji o przystąpieniu do stronnictwa prorosyjskiego, XI ordynat, Aleksander August Zamoyski, przedstawił konfederatom zaświadczenie lekarskie poświadczające jego ciężką chorobę. To lawirowanie nie uchroniło dóbr ordynacji przed znacznymi zniszczeniami w czasie insurekcji kościuszkowskiej. Ostatecznie cała ordynacja znalazła się w granicach Austrii, co na kilkanaście lat zapewniło jej spokojny rozwój. W tym czasie w Tomaszowie Lubelskim powstała zatrudniająca 50 robotników fabryka fajansu, produkująca naczynia fajansowe i kamienne. Zbudowano również nowe cegielnie i rozwijano hutnictwo żelaza.