XIX wiek thumb|300px|Siedziba zarządu ordynacji w Zwierzyńcu W 1812 siedziba ordynacji została przeniesiona do Zwierzyńca. Powodem były negocjacje z władzami Księstwa Warszawskiego i plany przekazania twierdzy zamojskiej państwu. Ostatecznie dopiero w 1821 miasto i twierdza Zamość z pasem ziemi tysiąc dwieście sążni od fortecy stały się własnością rządu Królestwa Polskiego. W zamian Zamoyscy otrzymali dobra położone na Mazowszu i Podlasiu. XII ordynat, Stanisław Kostka Zamoyski, utworzył w 1811 r. w Warszawie publiczną Bibliotekę Ordynacji Zamojskiej opartą na zbiorach prywatnych i zlikwidowanej w 1784 r. Akademii Zamojskiej.
Poważne reformy w ordynacji wprowadził XIII ordynat, Konstanty Zamoyski. W Warszawie utworzył w 1833 r. Kancelarię Centralną Dóbr i Interesów Zamoyskich, a Administrację Generalną w Zwierzyńcu podzielił na działy: administracyjny, prawny, polityczny i ekonomiczny, stawiając na czele każdego z nich kierownika. Było to konieczne, gdyż ordynaci często zajmowali się nie tylko zarządem majątku, ale również działalnością publiczną, bawiąc często także za granicą. W tym samym czasie zaczęto w ordynacji zamieniać pańszczyznę na czynsz według przelicznika 1 zł za dzień pańszczyzny sprzężajnej i 15 groszy za dzień pieszej. W 1844 r. ok. 90% chłopów zostało już oczynszowanych.