15 czerwca 1565 Jan Gostyński zorganizował w gostyńskiej farze, sławny na całą Polskę zjazd różnowierców (z udziałem m.in. Erazma Glicznera), który miał doprowadzić do ugody pomiędzy odłamami chrześcijaństwa. Brat Jana, Mikołaj przez dłuższy czas pozostawał po stronie protestantów. Jednak pod wpływem żony powrócił na łono kościoła katolickiego i przywrócił księży katolickich w gostyńskiej farze, co spowodowało konflikt z Janem, który zajął mieszczący się przy obecnej ulicy Wrocławskiej kościół Świętego Ducha.
Po śmierci Jana katolicy rozpoczęli starania o odzyskanie kościoła. Posunięto się nawet do podpiłowania ambony, która runęła podczas kazania luterańskiego pastora. Jednak dopiero wygrany proces umożliwił ponowne przekształcenie kościoła w świątynię katolicką.
Wiek XVIII W XVIII wieku nastąpił zastój miasta, spowodowany m.in. wojnami. Były to czasy zniszczeń i nękania ludności przemarszami wojsk.