Okres wegetacyjny obejmuje od 185 dni na północy do 200 dni na południu.
Wody thumb|240px|Rzeka Narwa Sieć rzeczna kraju jest gęsta (0,2 km/km²) i wszystkie rzeki należą do zlewiska Morza Bałtyckiego. Rzeki są krótkie i niezbyt zasobne w wodę. Najwięcej rzek płynie w południowej części kraju. Do najdłuższych rzek należą Võhandu (162 km), Parnawa (140 km), Narwa (78 km), Ema i Kasari. Dla gospodarki największą rolę odgrywa Narwa, która łączy jezioro Pejpus z Zatoką Fińską. W pobliżu ujścia Narwy utworzone zostało sztuczne jezioro − Zbiornik Narewski o powierzchni 200 km², 25% owego zbiornika należy do Estonii, reszta do Rosji. Estonia posiada duże zasoby wód podziemnych. Jedną z przyczyn obfitości wód podziemnych jest przewaga ilości opadów nad ich wyparowywaniem. Taka sytuacja występuje na terenach zajmujących 20% powierzchni kraju. Tak wysoki poziom wód podziemnych można spotkać również na nizinach, czego wynikiem jest występowanie bagien. Na wyżynach wody podziemne zalegają głęboko. Na wyżynie Pandivere rozwijają się procesy krasowe, w wyniku których poziom wód podziemnych obniża się, a małe rzeki zanikają.