Estonia obfituje w jeziora, które są pozostałością po ostatnim zlodowaceniu. W kraju jest ok. 1200 jezior o powierzchni większej niż 1 ha, o łącznej powierzchni około 2200 km², co stanowi 4,7% powierzchni kraju. Największym jeziorem jest Pejpus o powierzchni 2850 km², jednak połowa powierzchni tego akwenu znajduje się w Rosji. Drugim co do wielkości jeziorem jest Jezioro Pskowskie o powierzchni 710 km². Łączna powierzchnia jezior w granicach państwa to 1615 km². Największym jeziorem leżącym wewnątrz kraju jest Võrtsjärv o powierzchni 271 km².
Najwyższym wodospadem w Estonii jest Valaste na klifie Ontika w północno-wschodniej części kraju - ma wysokość około 30 m. Inne znaczące wodospady to: Narwa, Jägala i Keila.
Gleby Estonia leży w strefie gleb bielicowych charakterystycznych dla lasów mieszanych. Na estońskich wyspach, oraz w północnej i północno-wschodniej części kraju tereny pokrywają mało urodzajne gleby żwirowe. Na południu kraju występują wyjałowione i ubogie w węglan wapnia gleby bielicowe. Jedynie środkowa część kraju posiada bardziej urodzajne warstwy glebowe głównie gleby morenowe. Powszechne są gleby bagienne. W Estonii północnej i zachodniej oraz na wyspach występują gleby aluwialne. Występują one szczególnie w okolicy dolnych odcinków i ujść rzek, zajmują ok.