Filip IV zmarł w 1665 r. i został pochowany w Eskurialu. Jego następcą został jedyny pozostały przy życiu syn, Karol II, którego liczne choroby wywołane wadami genetycznymi związanymi ze zbyt bliskim pokrewieństwem, zwiastowały zmierzch władzy habsburskiej w Hiszpanii.
Genealogia
Życie prywatne 18 października 1615 r. w Burgos ożenił się z Elżbietą Burbon (22 listopada 1602 – 6 października 1644), córką króla Francji Henryka IV Burbona i Marii Medycejskiej, córki Franciszka I Medyceusza, wielkiego księcia Toskanii. Filip i Elżbieta mieli razem dwóch synów i sześć córek: Maria Małgorzata (ur. 14 sierpnia 1621, zm. 15 sierpnia 1621), Małgorzata Maria Katarzyna (ur. 25 listopada 1623, zm. 22 grudnia 1623), Maria Eugenia (ur. 21 listopada 1625, zm. 21 lipca 1627), Elżbieta Maria Teresa (ur. 31 października 1627, zm. 1 listopada 1627), Baltazar Karol (ur. 17 października 1629, zm. 9 marca 1646), książę Asturii, Franciszek Ferdynand (ur. i zm. 12 marca 1634), Maria Anna Antonia (ur. 17 stycznia 1636, zm. 5 grudnia 1636), Maria Teresa (ur. 10 września 1638, zm. 30 lipca 1683) – żonę Ludwika XIV Burbona, króla Francji. mały|Karol II – spadkobierca i jedyny syn, który przeżył Filipa. Chory na ciele i umyśle, był prawdopodobnie ofiarą praktykowanego od pokoleń wśród hiszpańskich Habsburgów kazirodztwa – m.in.