Po tych zwycięstwach Portugalczycy wkroczyli do Andaluzji. W roku 1668 w wyniku wstawiennictwa króla Anglii obie strony zawarły pokój w Lizbonie (13 lutego 1668). W wyniku układu Hiszpania uznała niepodległość Portugalii, a obie strony wycofały się z zajętych terenów.
W 1647 r. nadmierne obciążenia finansowe wywołały kolejny bunt w Neapolu. Na jego czele stanął prosty rybak Tommaso Aniello, znany jako Masaniello. Masaniello doszedł rychło do porozumienia z wicekrólem Don Rodrigiem Ponce de Leon, ale 10 dni później został zamordowany na jego rozkaz. Wówczas, korzystając z francuskiej pomocy, Neapolitańczycy obalili rządy hiszpańskie i wprowadzili republikę. Rok później Hiszpanie odzyskali jednak kontrolę nad miastem.
W 1648 r. w pokoju westfalskim Hiszpania uznała ostatecznie niepodległość Republiki Zjednoczonych Prowincji i zakończyła tzw. wojnę osiemdziesięcioletnią.
Filip był wybitnym mecenasem kultury. Na jego dworze tworzyli malarz Diego Velazquez i pisarze (Lope de Vega, czy Pedro Calderón de la Barca). Przyczynił się również do wybudowania pałacu Buen Retiro, zaś do dekoracji jego Salonu Królestw zatrudnił najlepszych hiszpańskich artystów.