Ich bazą był Port Jackson, zatoka, nad którą leży współczesne Sydney.
1 marca 1901 roku z połączenia flot kolonii, tworzących teraz Związek Australijski, powstała wspólna marynarka wojenna, pod nazwą Commonwealth Naval Forces. 25 lutego 1904 roku jej pierwszym dowódcą został komandor William Rooke Creswell, z pochodzenia Brytyjczyk. Przez kilka następnych lat w jej skład wchodziły wciąż te same okręty i jej zadania wciąż ograniczały się do ochrony strefy przybrzeżnej. Dopiero w 1909 roku premier Australii Alfred Deakin, na fali społecznego entuzjazmu wywołanego wizytą w australijskich portach Wielkiej Białej Floty i wspierany przez komandora Creswella, uzyskał zgodę rządu brytyjskiego na rozbudowę własnej marynarki wojennej. 10 lipca 1911 roku król Jerzy V oficjalnie sygnował akt powstania niezależnej Royal Australian Navy, przewidujący jednocześnie dla jej okrętów skrót HMAS (His/Her Majesty’s Australian Ship).