Zgodnie z przedwojennymi ustaleniami, całość floty została na czas wojny oddana pod rozkazy brytyjskie i stan ten trwał do 19 sierpnia 1919 roku.
Pierwszymi akcjami okrętów Royal Australian Navy były operacje przeciwko niemieckim koloniom na Pacyfiku: Karolinom, Nauru, Nowej Brytanii i Nowej Gwinei. W tym czasie marynarka poniosła pierwszą większą stratę: 14 września 1914 roku zaginął w morzu wraz z całą załogą (35 osób) okręt podwodny AE1.
9 listopada 1914 roku niemiecki krążownik lekki „Emden” zaatakował brytyjską stację radiowo-telegraficzną na jednej z wysp archipelagu Wysp Kokosowych. W kilka godzin później został doścignięty przez „Sydney”, wchodzący w skład eskorty płynącego w pobliżu konwoju. Dowódca australijskiego krążownika, komandor John Glossop, wykorzystał przewagę prędkości oraz donośności dział swojego okrętu i w pojedynku artyleryjskim, znanym jako bitwa koło Wysp Kokosowych, zniszczył jednostkę niemiecką. Była to pierwsza bitwa i pierwsze zwycięstwo nad wrogim okrętem w historii Royal Australian Navy.