W czasie remontu wszystkie nabożeństwa zostały przeniesione do fary. Lata 1918-1945 Po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. nie zmienił się status kościoła. Z chwilą podjęcia przez proboszcza fary ks. Bolesława Makowskiego prac nad odbudową sklepień kościoła farnego, kościół gimnazjalny do roku 1924 spełniał funkcję kościoła parafialnego. Zostały wówczas wycięte drzewa wokół fary i obniżono plac kościelny, który był kiedyś cmentarzem. Prochy zmarłych zebrano i złożono w podziemiach kościoła gimnazjalnego. W latach trzydziestych wykonano prace konserwatorskie kościoła - położono nowe tynki i naprawiono gzymsy. W latach okupacji 1939-1945, z powodu rozbiórki kościoła św. Trójcy na rynku, pojezuicki kościół przejęła niemiecka gmina ewangelicka. W związku z tym zaczęto przystosowywać kościół do potrzeb gminy ewangelickiej. Zostały zamalowane farbą kryjącą wszystkie freski z wyjątkiem kopuły. Dokonał tego nazista o nazwisku Poppek, na zlecenie gminy ewangelickiej. W 1940 r. usunięto i zniszczono usytuowane między kolumnami ołtarza dwie figury z biało-kremowego stiuku św. Stanisława Kostki i św. Kazimierza oraz figury z ambony. Zostały usunięte organy i obecnie znajdują się w bazylice mniejszej, a w ich miejsce zainstalowano organy przeniesione z kościoła ewangelickiego św. Trójcy. Na skutek działań wojennych w 1945 r.