został spalony hełm południowej wieży kościoła. Od 1945 thumb|Wnętrze kościoła po zakończeniu prac renowacyjnych Po zakończeniu wojny kościół pojezuicki przejęła parafia Ścięcia św. Jana Chrzciciela. Na czas odbudowy fary częściowo spalonej w czasie działań wojennych fary, kościół gimnazjalny od maja 1945 do 19 czerwca 1946 pełnił rolę kościoła parafialnego. Po tym okresie kościół nadal przynależał do parafii, jako kościół filialny. W latach 1955–1958 zmieniono dotychczasowe prowizoryczne pokrycie zniszczonej w czasie wojny wieży południowej na nowe, z blachy żelaznej platerowanej miedzią oraz wykonano prace remontowe: zabezpieczono pęknięcia murów i otynkowano elewacje zewnętrzne. Zniszczony w czasie wojny hełm wieży południowej zrekonstruowano w 1963 r. przywracając jej pierwotną architekturę. Drobne uszkodzenia elewacji południowej kościoła z motywami dekoracyjnymi, gzymsami i podwójnymi płaskimi pilastrami naprawiono w 1967 r., a fasadę główną otynkowano w 1969 r. W 1970 odsłonięto polichromię, zamalowaną przez Niemców. Konserwator zmył farbę i dokonał konserwacji malowideł. W tym samym roku została przeprowadzona konserwacja obrazu Matki Boskiej z Dzieciątkiem Jezus i św. Janem Chrzcicielem w ołtarzu głównym.