Do tej pory obraz częściowo był zasłonięty osiemnastowieczną sukienką ze srebrnej, trybowanej blachy, na tle czarnego aksamitu. 20 czerwca 1975 przy kościele powstał tymczasowy Ośrodek Duszpasterski. 23 marca 1976 biskup chełmiński Bernard Czapliński powołał do istnienia parafię Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny, której kościołem parafialnym stał się pojezuicki kościół gimnazjalny. W 1978 r. ufundowane zostały dwa nowe dzwony i umieszczone w wieżach. Następnie uporządkowano podziemia kościoła i usunięto zalegającą tam ziemię. Parafia Zwiastowania NMP w Chojnicach istniała do 1 sierpnia 2005 r., kiedy to dekretem biskupa pelplińskiego Jana Bernarda Szlagi parafia została zlikwidowana, a kościół gimnazjalny ponownie przyłączony jako filia do parafii Ścięcia św. Jana Chrzciciela. W latach 2010–2012 kościół przeszedł gruntowny remont m.in. została wymieniona elewacja, zrekonstruowane figury znajdujące się niegdyś na ołtarzu oraz ambonie, odnowione freski i obrazy, wymienione zadaszenie, nagłośnienie oraz oświetlenie, zostały odnowione ołtarze i ambona. Odnowione zostały podziemia, poddasze zostało zaadaptowane na salę wystawienniczą.