Mimo to trudno nazwać von Baadera uczniem Schellinga – można raczej powiedzieć, że dał więcej niż otrzymał. Z Schellingiem także zawarł przyjaźń, która trwała do ok. 1822 r., kiedy potępienie współczesnej filozofii, jakie von Baader wystosował w liście do cara Aleksandra I, całkowicie oddzieliło go od Schellinga.
Przez cały ten czas von Baader wciąż poświęcał się profesji inżyniera. Otrzymał nagrodę w wysokości 12 000 guldenów za swoją metodę zastosowania soli glauberskiej zamiast potażu przy wyrobie szkła. W latach 1817–1820 zajmował posadę superintednenta kopalni, a w nagrodę za swoje usługi dostąpił nobilitacji. Przeszedł na emeryturę w 1820 r., wkrótce po czym opublikował jedno ze swoich najlepszych dzieł, Fermenta Cognitionis 6 części, 1822-1825, w którym zwalcza najnowszą filozofię i zaleca studiowanie dzieł Jakoba Boehmego. W 1826 r., gdy przeniesiono do Monachium uniwersytet z Landshut, został mianowany tam profesorem filozofii i teologii spekulatywnej. Niektóre z wykładów, które tam wygłaszał, opublikował pod postacią dzieła Spekulative Dogmatik, 4 części, 1827–1836. W 1838 r.