przeciwstawił się wpływowi Kościoła rzymskokatolickiego, do którego należał, na sprawy państwowe, za co został na trzy lata (które stanowiły ostatnie lata jego życia) wyłączony z możliwości udzielania wykładów w zakresie filozofii religii.
Został pochowany na Starym Cmentarzu Południowym w Monachium.
Myśl Jest wyjątkowo trudno streścić filozofię von Baadera, gdyż wyrażał on swoje myśli za pomocą niejasnych aforyzmów, mistycznych symboli i analogii (zob. Eduard Zeller, Ges. d. deut. Phil. 732, 736). Myśl swoją wykłada przeważnie w osobnych krótkich esejach, w komentarzach do pism Boehmego i Louisa Claude'a de Saint-Martin, w swojej rozległej korespondencji i w czasopismach. Mimo to da się wyróżnić najbardziej istotne momenty wyznaczające strukturę jego dzieła filozoficznego. Von Baader zaczyna od tezy, że rozum ludzki nie może nigdy sam z siebie osiągnąć celu, do którego dąży, i zauważa, że nie możemy odrzucić pierwotnych przekonań wpajanych nam przez wiarę, religię i tradycję. Jego punkt widzenia można nawet określić jako pewną formę myśli scholastycznej – tak jak scholastycy wierzy on, że filozofia i teologia nie są przeciwstawnymi czy osobnymi gałęziami wiedzy, ale że rozum ma za zadanie uczynić jasnymi prawdy przekazane ludziom przez autorytet i objawienie.