Ale w swoim dążeniu do ciągłego zbliżania ku sobie królestw wiary i wiedzy zwraca się bardziej ku mistycyzmowi Eckharta, Paracelsusa i Boehmego niż do scholastycznych doktorów. Według niego nasze istnienie zależy od faktu, że jesteśmy myślani przez Boga (cogitor ergo cogito et sum), a cała samoświadomość jest zarazem w Bogu – świadomości. Nasza wiedza to nigdy nie jest po prostu scientia, ale zawsze conscientia, wiedza za pomocą czegoś, świadomość czegoś – partycypacja w Bogu.
Filozofia von Baadera jest więc także teozofią. Bóg nie jest zwykłym bytem abstrakcyjnym (substantia), ale trwającym wiecznie procesem, aktywnością (actus). W tym procesie, tym samotworzeniu się Boga, możemy wyróżnić dwa aspekty – immanentny albo ezoteryczny, i eminentny albo egzoteryczny. Bogu przysługuje realność tylko, o ile jest On absolutnym duchem, a może w ogóle stać się duchem tylko, o ile jako prosta wola jest on świadomością siebie. To głębokie poznanie siebie przez Boga jest uwikłane w rozróżnienie pomiędzy poznającym a poznanym, z którego wynika możność stania się duchem. Ten immanentny proces samouświadamiania, w którym fakt, że są trzy Osoby boskie, nie jest zawarty, ale tylko możliwy, odbija się i zajmuje miejsce w wiecznej i nieosobowej idei, czyli wiedzy Boga, która istnieje poza pierwotną wolą, ale nie osobno od niej.