W marcu 2011 roku prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego wysunął wobec Ruto oraz pięciu innych kenijskich polityków oskarżenie o dokonanie zbrodni przeciwko ludzkości w czasie zamieszek po wyborach prezydenckich z 2007 roku. 23 stycznia 2012 Biuro Prokuratora wysunęło oficjalny akt oskarżenia, w którym potwierdziło zarzut zbrodni przeciwko ludzkości, w tym morderstwa, deportacji bądź przymusowych przesiedleń oraz prześladowań. MTK uznał go za pośredniego współprzestępcę, odpowiedzialnego za dokonanie ataków pomiędzy 30 grudnia 2007 a końcem stycznia 2008 roku na mieszkańców miast Turbo, Kapsabet i Nandi Hills, popierających w czasie wyborów kandydaturę Mwai Kibakiego. Zginęło wtedy ponad 1200 ludzi, a kilkaset tysięcy było zmuszonych opuścić domy.