W październiku 2010 roku został zawieszony w obowiązkach ministra pod zarzutem korupcji, jednakże w kwietniu 2011 roku został z nich oczyszczony. 24 sierpnia 2011, kilka miesięcy po wysunięciu oskarżeń przez MTK, został zdymisjonowany ze stanowiska ministra szkolnictwa wyższego. Na jego dymisję miał również wpływ spór z premierem Odingą i zapowiedzi możliwości startu Ruto w nadchodzących wyborach prezydenckich. W grudniu 2012 roku zawarł sojusz polityczny z Uhuru Kenyattą, również oskarżonym przez MTK o zbrodnie przeciwko ludzkości w czasie zamieszek z 2008 roku. W wyniku porozumienia Ruto zrezygnował z wysunięcia własnej kandydatury, wspierając kandydaturę Kenyatty w wyborach prezydenckich w 2013 roku oraz zostając kandydatem na urząd wiceprezydenta u jego boku.
Wybory prezydenckie z 4 marca 2013, które w odróżnieniu od poprzednich z 2007 roku, przebiegły w pokojowej atmosferze, zakończyły się zwycięstwem Kenyatty już w pierwszej turze. Według oficjalnych wyników podanych do publicznej wiadomości 9 marca 2013, z kilkudniowym opóźnieniem z powodu awarii elektronicznego systemu zliczania głosów i konieczności ręcznego liczenia, uzyskał on 50,07% głosów poparcia, podczas gdy jego główny rywal, premier Raila Odinga 43,31% głosów.